Khi Khất Phục Càn Quy đến kinh thành Trường An của Hậu Tần, Diêu Hưng phong cho ông làm Quy Nghĩa hầu. Năm 401, Diêu Hưng không hiểu vì sao đã trao toàn bộ số quân lính bị bắt cho Khất Phục Càn Quy và cho ông ta trấn thủ kinh thành của Tây Tần trước đây là Uyển Xuyên, vì vậy trên thực tế Khất Phục Càn Quy lại có được vị trí vốn có trước đó, song nay là một chư hầu của Hậu Tần. Ông đã nhanh chóng lập lại cấu trúc chính quyền, song các quan lại nay có tước vị thấp hơn để thể hiện sự khuất phục trước Hậu Tần. Đến năm 401, Diêu Hưng cử Khất Phục Càn Quy làm phụ tá cho Diêu Thạc Đức trong một chiến dịch lớn chống lại hoàng đế Lã Long của Hậu Lương, buộc Lã Long phải chịu khuất phục.

Năm 402, Khất Phục Sí Bàn, người trước đó đã không thành công trong việc đào thoát khỏi Nam Lương để đến chỗ phụ thân, nay đã có thể chạy đến Uyển Xuyên. Vua Thốc Phát Nục Đàn của Nam Lương đã gửi vợ của Khất phục Sí Bàn (có lẽ là con gái của Thốc Phát Nục Đàn) và những người con đến chỗ ông.

Năm 403, Lã Long đã quyết định trao đất nước của mình (lúc này chỉ bao gồm Cô Tang và các vùng lân cận) cho Hậu Tần, Hậu Lương diệt vong, và Khất Phục Càn Quy là một trong các tướng mà Diêu Hưng cử đi hộ tống Lã Long về Trường An và hộ tống người thay thế ông ta là tướng Vương Thượng (王尚) đến Cô Tang, song tại thời điểm đó vùng Cô Tang bị bao quanh bởi Nam Lương và Bắc Lương (hai chư hầu của Hậu Tần).

Trong vài năm sau đó, Khất Phục Càn Quy ngày càng hành động một cách độc lập hơn. Ví dụ như vào năm 405, có vẻ như trong khi chưa có sự phê chuẩn của Hậu Tần, ông đã tiến đánh nước Thổ Dục Hồn của Mộ Dung Đại Hài (慕容大孩), và sau đó trong cùng năm ông đã chiến đấu với Dương Thịnh (楊盛), người cai trị Cừu Trì trong khi Cừu Trì cũng là chư hầu của Hậu Tần.

Khoảng tết năm 407, Khất Phục Càn Quy đi viếng thăm chính thức Trường An. Diêu Hưng lúc này do lo sợ trước sức mạnh và sự độc lập của Khất Phục Càn Quy nên đã giữ ông lại kinh thành để làm quan tại đây, còn quyền chỉ huy của ông thì giao cho Khất Phục Sí Bàn.

Năm 408, Thốc Phát Nục Đàn (người trước đó đã khuất phục chịu trở thành chư hầu của Hậu Tần) đã trở nên hành động một cách độc lập. Diêu Hưng quyết tâm tiêu diệt Nam Lương, và Khất Phục Càn Quy là một trong các tướng được cử đi cùng với đội quân dưới sự chỉ huy của con trai ông ta là Diêu Bật (姚弼) nhằm diệt Nam Lương. Tuy nhiên, chiến dịch của Diêu Bật đã thất bại và mặc dù sau đó Thốc Phát Nục Đàn trên danh nghĩa vẫn tiếp tục khuất phục trong một thời gian, ông ta đã nhanh chóng tuyên bố độc lập hoàn toàn. Năm 409, Khất phục Càn Quy đã trốn thoát và trở về Uyển Xuyên. Trong cùng năm, ông tái lập nước Tây Tần và xưng là Tần vương, đồng thời cải niên hiệu.